博斯腾湖所在的焉耆盆地属南天山造山带中的山间断陷盆地,地质历史上曾是塔里木古老地块的一个组成部分。它的形成演化历史可追溯到距今8亿年左右的前震旦纪。距今250万年左右的新第三纪末开始的新构造运动,使该区发生大规模差异性升降,博斯腾湖南缘的老断裂和北缘的新断裂活动强烈,断裂之间的博斯腾湖地区开始强烈沉降,博斯腾湖上游的开都河也因大尤鲁都斯盆地和焉耆盆地的沉降、两盆地之间准平原的抬升而强烈下切,形成了长达50千米的开都河大峡谷,加上开都河源头地区的山体已大多抬升到雪线以上,使大气降水以粒雪冰的形式贮存起来,并长年源源不断地向博斯腾湖供水,博斯腾湖才得以真正形成。