孙中山纪念馆，原名藏经楼，位于中山陵与灵谷寺之间的密林中，是一座仿清代喇嘛寺的古典建筑。主楼高20.8米，顶上盖绿色琉璃瓦，屋脊为黄色琉璃瓦，正脊中央饰有紫铜回轮华盖，梁、柱、额枋均饰以彩绘。 楼内珍藏孙中山先生的经典著作和奉安照片等珍贵史料。楼前广场正中的花台上竖有一尊高 2.6米的孙中山先生全身铜像。楼后有长达 125米的碑廊，上刻孙中山先生所著“三民主义”全文。
南京东部中山陵东、灵谷寺西的林海中，溪流绿树掩映着一座仿清喇嘛庙的古典建筑，它依山而建，气势恢宏，这里就是保存展示一代伟人孙中山先生史迹的博物馆--孙中山纪念馆。
孙中山纪念馆原名藏经楼，是中山陵园众多纪念性建筑之一，原由中国佛教会捐建，初为收藏佛经所用。建筑包括主楼、僧房和碑廊三个部分，面积达3000多平方米，由著名建筑师卢奉璋设计，1936年冬竣工。
藏经楼饱含历史沧桑。抗战前，藏经楼曾珍藏了一批珍贵文物和佛经，这些文物和佛经都是该楼落成后各地佛教界人士赠送或荐送的。抗战爆发后，藏经楼遭到严重破坏，僧房、碑廊毁于日军炮火，文物与佛经也不知去向。新中国建立后，地方政府多次拨款，逐步修建了主楼、僧房和碑廊。1986年11月，为纪念孙中山先生诞辰120周年，在这里举办了内容丰富的孙中山先生史迹及著作展览。藏经楼首次接待了由港澳各界人士组成的大规模的海外谒陵代表团及参加学术研讨会的专家学者。孙中山先生的亲属孙穗英、孙穗华、戴成功及许许多多海内外知名人士先后来此参观，1987年5月7日，南京市人民政府正式批准将藏经楼辟为"孙中山纪念馆"。1989年5月30日，在孙中山先生奉安60周年前夕，该馆正式对外开放。
孙中山纪念馆主楼前为一椭圆形的广场，四周花木扶疏。广场北侧两段石阶上便是主楼。第一段石阶正中矗立着孙中山先生铜像，铜像高2.6米，重一吨多，是孙中山先生的日本友人梅屋庄吉赠送的。尊铜像曾矗立于新街口广场的中央，时间长达24年，为许多南京市民所熟悉。第二段石阶平台上置有一对铜鼎，系南京化学工业总公司于1989年开馆之际捐赠。主楼是重檐歇山式宫殿建筑，挑檐飞角，气势不凡，檐脊覆黄色琉璃瓦，主脊与垂脊以龙凤、狮头吻合，脊顶中央饰紫铜回轮华盖，梁、柱、额枋均饰以彩绘，整座建筑雕梁画栋，金碧辉煌。三楼正中悬有一方直额，上书"藏经楼"三字，黑底金字，为当代著名书法家武中奇手笔，大门门楣横匾上书有"孙中山纪念馆"六个大字，这是已故全国政协副主席、民革中央名誉主席屈武所书。
藏经楼外观为三层，中间还有一夹层，共四层。底层大厅里连续不断播放《总理奉安大典》资料录像片，这部录像片是根据当年孙中山先生病逝、安葬时拍摄的实况影片录制的，真实地再现了孙中山先生病逝、公祭、建陵、迎榇和奉安的全过程，有许多珍贵的历史镜头。大厅的四壁镶嵌着孙中山先生手书的《建国大纲》全文巨匾。正面壁上镌刻有胡汉民手书《总理遗嘱》，两侧是孙中山手书"人类进化，世界大同"对联。
三楼室外回廊四壁设《永恒的纪念》大型图片资料展，展示各国领导人及知名人士晋谒中山陵的历史镜头。展橱里则展出有关孙中山先生的书籍。三楼是孙中山先生史迹陈列室，这是孙中山纪念馆的基本陈列，有四个展厅，共展出孙中山先生的史料图片378幅，还有实物、手迹、书籍等。全部陈列分九个部分：少年壮志、奔走革命、创建民国、讨袁护法、新的征途、病逝建陵、迎榇奉安、陵园今昔、浩气长存。
四楼展厅用于举办各种临时陈列。主楼后面是一座大型碑廊，碑廊长125米，左右对称环抱主楼，中轴线上建僧房5间，两翼有回廊与碑亭两座相连。碑廊内镶嵌冯玉祥将军赠送的河南嵩山青石碑138块，每块碑高1.9米，宽0.9米，上面镌刻孙中山先生所著《三民主义》全文，共16讲，15.5万字。碑文分别由张乃恭、陈天赐、叶恭绰、邓散木等民国时期14位书法家正楷书写，风格各异。其中唐仲芳刻石，尤为书必俱佳的珍品，被定为二级文物。
由北美安提瓜华人、香港意利辉投资有限公司董事长张健先生、董事蒋明先生捐资兴建的中山书院于1995年3月12日孙中山先生逝世70周年纪念日落成，正式向海内外开放，成为孙中山纪念馆又一个重要组成部分。中山书院位于藏经楼西侧，占地2800平方米，楼外铺以草坪，广植各种名花佳木。主楼为两层仿古建筑，整个建筑典雅秀丽，令人赏心悦目。书院主要用于有关孙中山先生的纪念活动、学术研究、文化交流。楼下辟三个陈列展厅，厅内展出党和国家领导人及外国元首谒陵的照片及《孙中山著作及学术研究成果展》。另在东厅还举办《中山陵收藏书画精品展》，陈列中山陵园收藏的著名书画家林散之、萧娴、武中奇、费新我、黄养辉等人的书画精品。
辛亥革命名人蜡像馆是孙中山纪念馆下属机构之一，位于藏经楼东侧有六百年历史的灵谷公园无梁殿内，展出辛亥革命前后57位名人蜡像。这些蜡像组成22组场景，形象生动地反映了辛亥革命前后重大历史事件，展现了辛亥革命的历史风貌。蜡像按真人大小1:1制作，造型准确，形态逼真。
孙中山纪念馆建馆以来已接待海内外宾客上百万人次，它已成为中山陵园乃至南京对外交流的一个重要窗口，先后被命名为南京市爱国主义教育基地、南京军区青年官兵爱国主义教育基地、南京市青少年德育基地。近年来，孙中山纪念馆在史料陈列、文史研究和馆际交流等方面取得了不少的成绩，先后出版了《中山陵档案史料选编》、《中山陵园史话》、《民国名人与中山陵》、《孙中山手书碑刻》、《吴敬恒碑刻》等，并刊出《中山陵文史信息》与各地同行交流。孙中山纪念馆与海内外孙中山、宋庆龄纪念地建立了广泛交流和合作关系，每年都要举办大型联谊活动并进行学术交流，还与台湾国父纪念馆、日本神户孙中山纪念馆建立了联系和交流。
孙中山纪念馆是中山陵园景色最佳处之一，莺飞草长的江南三月，梅花、杏花、桃花、茶花次第开放，这里花团锦簇，暗香浮动，美不胜收；七月流火，这里浓荫匝地，溪水潺潺，悠长的蝉鸣伴着徐徐清风给人们带来无与伦比的惬意；到了桂子飘香的金秋，坐落在万株桂园中的纪念馆香气袭人，使人们久久徜徉，不忍离去，更有那深秋，似火的枫林，顿使您吟出"停车坐爱枫林晚，霜叶红于二月花"的佳句；而瑞雪后的孙中山纪念馆，白雪皑皑，银装素裹，则令游人更有一番情趣。