天津南开中学与时俱进，以“整体高素养教育”为办学的主导思想，形成具有现代南开特色的办学理念和实践体系。整体的内涵是要把握教育的整体性、办学的整体性。学校的育人目标是“使南开的学生具有强烈的社会责任感，具有健全的身躯及心理品质，科学素养、人文素养兼备，创新思维、实践能力两翼齐飞，为祖国的繁荣、世界的和平与发展培养创新型、拔尖型后备人才”。以“以德立教，严谨治学，学生为本，注重创新”为治校方略，并以把南开中学努力建设成具有中国教育特色的国际著名一流学校作为奋斗目标。制定并实施了《名师工程实施方案》《人事制度改革实施方案》《学生思想品德教育实施方案》《教学改革实施方案》《办学规模及校舍建设方案》、《国际交流实施方案》形成整体素质教育实践的完整体系。