为了使华附办学质量、水平不断跃上新的台阶，1996年，学校提出了改革的新思路——“1248工程”。提出了“以完整的现代教育塑造高素质的现代人”的办学宗旨。一手抓改革，一手抓建设。加强教育理论对教育改革的指导，抓科研、促教改，走科研兴校之路；建立课外活动激励机制，促进个性特长发展；建立新的教学评价制度；积极探索奥校办学新模式。大力推进以因材施教为核心的个别化、人性化教学模式，以立志成才为主题的激励型德育教育模式，以优质高效为标志的效率效益型后勤服务模式，以科学民主管理为目标的舒畅型学校管理模式。制定了“八个一”的素质要求。
该校进行了多种形式的教改试验：在初中、高中各年级各设1个综合试验班，进行语文、数学、英语、物理、化学等多科性试验。另外，在初、高中开设语文、数学、英语单科试验班，进行教材教法改革、自学能力培养等单项试验，还聘请外籍教师主讲“英语口语课”。根据因材施教原则，从高中二年级开始文理分科。同时，开展了课外科技活动，设有文学社、数学爱好者协会、天文学社、无线电组、摄影组、集邮协会、歌舞团等17个社团，让学生增长知识，锻炼才干。
华南师范大学附属中学着重以学生自主发展为本，以学生综合素质培养为重，以个别化为发端，以个性化为归宿，构建多元化、现代化、国际化的新课程体系。首先，是课程结构的多元化。着力开发建设校本课程，形成奥班、试验班、普通班相结合的教学组织形式和国家课程、地方课程、校本课程相协调的课程体系。努力做到规定性课程（包括国家课程和地方课程）优质化，选择性课程（学校课程）系列化、个性化、特色化。选择性课程包括：一是培养拔尖人才的提高性课程，二是扩大学生知识面、培养学生兴趣爱好和创新精神的扩展性课程，三是注重学生实践能力锻炼的实践性课程。其次，是课程内容的现代化。一是在现有学科课程中更新内容，体现现代化科学技术精神；二是在学校课程中专门开设介绍新兴学科和前沿学科的相关课程；三是注重培养学生科学精神与人文素质的统一，培养学生的创新意识和健全人格。再次，是课程发展趋势国际化。紧随教育领域日益频繁的国际合作和国际文化交流，融入国际教育发展潮流，把握新世纪教育发展的趋势，博采众长。
华附还一直在思索自身的“品牌标识”——独特的理念系统、操作系统和管理体系。在此期间，华南师大附中以自身丰富的经验为素材，整体构建起学校的办学体系——“一二四六八工程”。
“一”，用一句话概括的办学理念：以完整的现代教育塑造高素质的现代人。“二”，坚持“两手抓”：一手抓改革，一手抓软硬件建设。“四”，建立四个工作系统：以立志成才为主题的激励型德育模式，以因材施教为核心的个别化、个性化教学模式，以优质高效为标志的效率与效益型后勤服务模式，以科学民主为目标的舒畅型学校管理模式。“六”，提出六项人才培养标准：基础扎实，特长明显，素质全面，能力多样，人格健全，适应性强。“八”，对毕业生提出“八个一”的要求：怀有一颗热爱祖国、报效祖国的红心，并养成一套良好的做人规范；能讲一口流利的普通话和英语；能写一手端庄的毛笔字和硬笔字；有一门最喜爱的学科并学有所长，养成良好学习习惯，形成一套科学的学习方法；掌握一门体育运动的技能，养成经常锻炼的习惯；掌握一项乐器演奏技能，并有良好的审美修养；练就一手熟练操作电脑的技能，学会利用丰富的网络资源；炼就一项劳动生活技能，具有良好的独立生活能力。
在此基础之上，学校制定了新的五年发展规划，提出了2001年到2005年的发展总目标：高标准建成国家级示范性普通高中，继续努力把学校办成国内一流、国际知名、高质量、有特色的现代品牌学校。为实现发展目标，学校提出了“五化策略”：优质化，特色化，集团化，国际化，现代化。
