设有海运暨管理学院、生命科学院、工学院、海洋科学与资源学院、电机资讯学院以及人文社会学院等六个学院，下设15个学系，12个独立研究所，26个硕士班，17个博士班。共有83个社团，11个运动代表队。教师博士学位比91%。由于研究成果斐然与研究方向独特，台湾当局直接经费补助大幅增加，除每年皆获得台湾“教育部”之“奖励大学教学卓越计划”补助，并于2006年获得台湾“教育部”“发展国际一流大学及顶尖研究中心计划”（五年五百亿）补助1.4亿新台币，在此计划获补助之台湾17校中金额排名第13，2008年在此计划第二阶段获得补助0.9亿新台币，在此计划第二阶段获补助之台湾15校中金额排名第12。

    2007年为参与台湾“教育部”“繁星计划”二十五所大学之一。2007年11月财团法人高教评鉴中心公布“95年大专校院产学合作绩效评量结果”，台湾海洋大学与成功大学、台湾清华大学、台湾交通大学在所有台湾直属大学中表现较优。由于部分学校与台湾海洋大学校名近似，特别是简称，常常令人混淆。因此在2007年6月16日台湾海洋大学正式向台湾“经济部”智慧财产局取得简称“海大”之专属权利，限制日后台湾其他大专院校不得再使用该简称。

    2013年发布的中国·两岸四地大学排名中，在两岸四地高校中列第64位，台湾地区第20位。