学校既是教育中心，又是科技中心，设有科学研究院和30余个研究机构，拥有1个国家级重点实验室，1个国家级工程技术研究中心，1个国家级技术研究推广中心，1个国家级质检中心，1个国家级实验教学示范中心，4个部省级重点实验室，并以此为依托建成了一批重点科研基地，承担了一大批国家重大科研任务，取得了一批成果。2010年，学校获得省部级及以上科技奖励30余项，其中国家级科技奖励3项；科技活动经费达到7.11亿元；被SCI/E、EI、ISTP三大检索收录论文2000余篇，出版学术著作70余部。学校重视科技创新，专利申请和授权数量均位居全国高校前列，是“全国专利工作试点示范高校”，创办了全国第一个依托大学和大学科技园建设的国家专利产业化试点基地，为推进成果转化、加强社会服务构建了一个新平台。

　　学校面向国内外积极开展教育、科技交流与合作，已与美、英、法、德、日、俄等几十个国家和地区的80多所高等院校、科研院所建立了良好的合作关系。近年来，学校每年选派学生赴法、德、日、韩等国攻读学位或短期进修。1994年，学校成立了由多家政府机构和企事业单位组成的南京理工大学董事会，董事单位在学校设立奖教金、奖学金40余项。

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