该校具有光荣的历史传统。毛泽东侄子毛远新，林彪儿子林立果、女儿林晓玲，邓小平幼妹邓先群，以及十大元帅中七位元帅子女、十大将中六位大将子女就读哈军工，中央各部正副部长、军队将军以上、地方省委书记及省长以上的高级干部子女共计232人就读哈军工，致使哈军工一度成为“将门相国之后”专门学院之虞。

    1960年全校设64个专业，在编教职工总数为9165名，在院学员总数为11710名，其中基本班10000名，研究生班1710名（当时清华设有33个专业^[5]，3000余名教职工），学制八年，分为两个阶段：第一阶段为期五年，为基本训练阶段，目标是把学员培养成具有工程师水平的干部；第二阶段为高级阶段，为期三年，目标是把学员培养成具有高级设计师或研究员水平的干部，学的发展和建设始终得到中共中央、政务院、中央军委的关怀和重视。党、国家、军队领导人周恩来、朱德、邓小平、董必武、彭德怀、刘伯承、贺龙、陈毅、叶剑英、彭真、谭震林、薄一波及各总部、军兵种等50多位领导同志先后到学院视察和指导工作。

    1960年根据中央军委决定，按照“尖端集中、常规分散”原则，以下常规院系进行了迁出并独立建院：炮兵工程系（现南京理工大学）、装甲兵工程系（现解放军装甲兵工程学院）、工程兵工程系（现解放军工程兵工程学院）、防化兵工程系（现解放军防化兵工程学院）、空军工程系（现解放军空军工程大学一部分、西北工业大学一部分）。

    1966年文革爆发，学院被迫转业改制，退出军队序列，并更名为哈尔滨工程学院（简称“哈工程”）， 后又成立了电子工程系、计算机系等，1970年文革期间，哈尔滨工程学院（“哈工程”）被林彪集团正式肢解。留守部分，以海军系全建制为基础，空军系、导弹系、原子系、计算机系等部分专业、教师以及文革中“政治上不合格”干部教师共1500余人（占当时分拆总数的51%，注：国防科大当时分得1448人），组建哈尔滨船舶工程学院（简称“哈船舶”），例如：海军工程系全建制（现哈工程船舶工程学院、水声工程学院等），空军工程系部分专业、教师（现哈工程航建学院，飞行器设计工程、飞行器动力工程等专业，并建有中国“国际货运飞行驾驶员培训基地”），导弹工程系部分专业、教师（现哈工程航建学院，（导弹）力学工程、固体火箭发动机、航空宇航推进理论与工程等专业）、原子工程系部分专业、教师（现哈工程核科学与技术学院（中国首家核科学院），核反应堆工程、核动力装置性能与设备、核安全与仿真、核燃料循环与材料、核辐射探测与防护技术等专业）、计算机系部分专业、教师（现哈工程计算机系，中国第一台军用计算机诞生地）。

    1973年，刘华清上将（曾任海军司令员、中央军委副主席、中央政治局常委）儿子刘卓维，攻读当时东北数一数二、分数第一的“哈船舶”导弹系学习^[6]。1978年，学校再次被国务院确定为88所重点大学之一，1982年，成为首批具有博士、硕士学位授予权的单位，1993年11月，成为国家拟重点建设的首批10所211高校之一，1994年，学校更名为哈尔滨工程大学（简称“哈工程”），1995年成为国家重点建设的首批15所211高校之一，1996年8月，学校与清华大学、北京大学、复旦大学、中国人民大学、中国科学技术大、上海交通大学、浙江大学、南京大学、哈尔滨工业大学等同批次通过211“立项”审核（非预审），正式进入国家重点建设的首批27所211高校行列，2002年由教育部批准设立研究生院。2002年进入“国防985”（国防985，一期、二期共拨款10亿），2008年进入教育部985平台（拨款9000万/年），学校现隶属于工业和信息化部（由原国防科工委、信产部、国务院信息化工作办公室、国家烟草专卖局于2008年合并而成），并由国防科工委、教育部、黑龙江省、海军四方共建。

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