德清一生著述甚丰，注疏类作品主要有：《华严经纲要》八十卷、《法华击节》一卷、《金刚经决疑》一卷、《圆觉经直解》二卷、《般若心经直说》一卷、《大乘起信论疏略》四卷、《大乘起信论直解》二卷、《肇论略注》六卷、《观楞伽经记》八卷，还著有《性相通说》二卷、《憨山绪言》一卷以及一些分析和发挥儒道两家思想的作品，如《观老庄影响论》、《大学直指》、《中庸直指》等。其门人编有《憨山老人梦游集》行世。

    修心

    关于德清的佛学思想，吴应宾在其《憨山大师塔铭》中曾说，德清有与圭峰宗密、觉范和延寿诸家相似之处，在法界观上似宗密，在文字禅方面似觉范，在以心为宗方面似延寿，可见其思想，并不拘于一家。

    德清是临济系统内的禅僧，在禅学观上，德清坚持原禅的一些基本观点，他论为人人自心光明圆满，各各现成，不欠毫发，众生因为无始劫来的爱根种子造成的深厚妄想，障蔽了这个妙明之心，得不到真实受用，一心只在妄想世界里做活计，流浪生死。只要一念顿歇妄念，就能彻见自心，清净本然了无一物，这就叫悟。他强调，所谓修，所谓悟，都是修此心，悟此心，不是离开自心而别有可修可悟者。

    德清进一步证明为什么只需修此心，悟此心，他认为，三界唯心，万法唯识，佛法只是解说这八个字。心外无法，心外无事，所以，“除此一心，无片事可得”（《示蕲阳宗远庵归宗常公》，《憨山老人梦游集》卷七）。所谓事法，只是识所变现，识只是心迷而有，已经失去真如之名，推究自心，则了无可得之处。

    从本质上讲，禅宗向上一路，直指自心，明心见性，顿悟成佛，无需修行，而处处都真，平常生活，都见法身，“江光水色，鸟语潮音，皆演般若实相；晨钟暮鼓，送往迎来，皆空生晏坐石室见法身时也。”（《示灵州镜上人》，同上卷三）不但无修，也无知解，无文字般若，要将从前知解，尽情脱去，一点知见都用不着，要将文言字句，全都去除。“所读之般若，又岂有文言字句，寄于齿颊之端耶？”（同上）这却是与真可有些差异的。但是，末法时代，“吾人积劫习染坚固，我爱根深难拔。”（《答郑琨岩中丞》，同上卷一）所以不可能像祖师那样的直指，学人不能顿悟，而有参禅提话头之说，但祖师们并未有公案话头之类。德清并不反对参话头，他只是指出，参话头不是在公案话头、文字语句上下功夫，要的是参究自己，而禅界学人，却“不知向根底究，只管在话头上求，求来求去，忽然想出一段光景，就说悟了……如此参禅，岂不瞎却天下后世人眼睛？”（《示参禅切要》，同上卷六）德清强调参禅要下疑情，有怀疑精神，他非常推崇“小疑小悟，大疑大悟，不疑不悟”这一原则，疑情破处便是悟。参禅又要有大勇猛力，大精进力，大忍辱力，决不能思前算后，决不能怯弱。

    其实这种参禅也非人人都能参得，参禅也须是中上根器的人才行，钝根众生不能下苦心参究，即使参，也得不到善知识指教，恐怕错用了心，而落下邪道，这样岂不虚过一生，对于这些人，可以修念佛求生净土这一直捷方便的方法。
　

    融净

    德清的净土思想，是自心净土，他说：“今所念之佛，即自性弥陀，所求净土，即唯心极乐。诸人苟能念念不忘，心心弥陀出现，步步极乐家邦，又何以远企于十万亿国之外，别有净土可归耶？”（《示优婆塞结念佛社》，同上卷二）这就是与净土宗所讲的西方净土有所区别，实际上以禅的思想加入并改造净土宗，如果从禅净合一的角度分析，是以禅为主而融入净土，这与袾宏所讲的西方净土有些区别，但在实际操作上，则又是讲他力的。

    修行

    净土法门的具体修行方法，德清弘传的是念佛，他在雷州时，就向不能进修自度的人传授念佛三昧，专念阿弥陀佛名号，或念三五千声，或念一万声，早晚如此。

    德清又从话头禅的角度，把参禅和念佛结合起来，参话头只要参这个念佛，“只是心心不忘佛号，即此便是话头。”（《答德王问》，同上卷十）就是单提一声阿弥陀佛作为话头，下个疑情，审问这念佛的是谁，再提再审，审之又审，看看这念佛的究竟是谁，这样一切杂念当下顿断，不容再起。

   
    德清不只主张禅净融合，也讲禅教融合，三教融合。关于禅教，德清认为达摩虽讲禅是教外别传的，其实他也是以教来印证禅的，可见教禅本无二致。禅宗中虽然也有超佛越祖之谈，但实际上也是要人成佛作祖去的，而要成佛作祖，必须要遵照佛祖的言教而行。舍教而习禅，“是舍规矩而求方圆也”（《示六如坤公》，同上卷八）。

    关于三教，德清花了很多篇幅来说明三教的融合，他有一句名言，“为学有三要，所谓不知《春秋》，不能涉世；不精《老》、《庄》，不能忘世；不参禅，不能出世。”（《学要》，同上卷三十九）这三者缺一不可，缺一则偏，缺二则隘，三者全无而称之为人者，则是貌似人而已。

    三教之间，特别是儒佛之间，德清提出了许多融合的根据。儒讲人皆可以为尧舜，佛家讲人人可以作佛。儒讲五常，佛讲五戒，五戒即五常。佛家讲明心见性，儒家则讲克己复礼，两者相同。佛教的《楞严经》讲究澄心，儒家有《春秋》传心。最根本的，儒家讲忠讲孝，德清则讲，佛教也讲忠孝的，出家人宁可上负佛祖，下负我憨山老人，不可自负，不可负君，不可负亲。

    德清一生所度弟子很多，是明末很有影响的一位高僧。他又喜诗文，为人撰写了大量的碑铭、序跋之类的作品。他振兴禅宗祖庭，被尊为曹溪中兴祖师，但在思想上仍沿一般的融合各家的模式，未能有更进一步的创新。