詹妮弗·加纳是三个姐妹中的老二。父亲是化学工程师，母亲教英语，加纳家三姐妹从小就受到父母的严格督促，好好学习，欣赏艺术，很少看电影。

    1998年，加纳与斯科特·福利拍摄《费里西蒂》而相遇，两人于2000年10月19日结婚。2003年3月，加纳与丈夫分居后，同年5月写下离婚协议书，以双方无法相容的差异性为由诉请离婚。两人的离婚协议于2004年3月30日生效。

    2004年，加纳与本·阿弗莱克是在7月开始交往，两人于2005年6月29日在一个海岛秘密结婚，同年12月1日，加纳在洛杉矶产下一女，命名为维奥莱特·阿弗莱克（Violet Anne Garner Affleck）。2008年7月17日，加纳宣布再度怀孕。2009年1月6日，加纳在洛杉矶产下次女，名为塞拉芬娜·阿弗莱克（Seraphina Rose Elizabeth Garner Affleck）。2012年2月28日，珍妮弗·加纳在美国加州圣摩尼卡顺利产下一个男孩，本·阿弗莱克家再添第三个宝宝，名为塞缪尔·加纳·阿弗莱克。