截至2013年,可可托海有百余种珍稀野生动物,包括棕熊、野驴、河狸、雪豹、赛加羚羊等;有数十种野生植物,如野生薰衣草、小叶忍冬、绣线菊、西伯利亚刺柏、各类地衣和苔藓、黄连、芍药、新疆党参、阿勒泰独活等。